Hakan Fidan, 1968 yılında Ankara'da doğmuştur. 1986 yılında astsubay olarak mezun olup 2001 yılına kadar 15 yıl Türk Silahlı Kuvvetleri'nde muhabere istihbarat astsubayı olarak görev yaptı. Kara Kuvvetleri Muhabere Okulu'nun ardından Lisan Okulu'ndan da mezun oldu.Cumhurbaşkanı Yardımcısı Cevdet Yılmaz 

Bir dönem Türk Silahlı Kuvvetleri tarafından Almanya'daki Nato Süratli Reaksiyon Kolordusu Karargâhı'nda üç yıllığına görevlendirildi. Bu görevi sırasında Almanya'daki ABD Kökenli Maryland Üniversitesi'ni bitirdi.

University of Maryland University College'den Yönetim ve Siyaset Bilimi alanından lisans dereceleri aldı.

2000'de OYAK Genel Kurul üyeliğine seçildi. Mecburi hizmeti bittiğinde 2001 yılında Türk Silahlı Kuvvetleri'nden ayrılarak Bilkent Üniversitesi'nde uluslararası ilişkiler alanında yüksek lisans ve doktora yaptı.

14 Kasım 2007'de Başbakanlık müsteşar yardımcılığı görevine gelen Fidan, 2008 Kasım ayında Uluslararası Atom Enerjisi Kurumu Yönetim Kurulu üyeliğine atandı. 8 Mart 2008'de de Uluslararası Ahmet Yesevi Üniversitesi mütevelli heyeti üyesi oldu ve bu görevinden Şubat 2011'de istifa etti.

15 Nisan 2010'da Millî İstihbarat Teşkilatı müsteşar yardımcılığına getirildi. Emre Taner'in görev süresinin dolmasının ardından, 25 Mayıs 2010 tarihinde MİT Müsteşarlığı görevine atandı. Böylece Türkiye Cumhuriyeti devletinde, en genç MİT Müsteşarı olarak tarihe geçmiştir. Fidan, 3 Haziran Cumartesi günü Recep Tayyip Erdoğan'ın açıkladığı karara göre Dışişleri Bakanlığı görevine getirildi.